Il primo documento ufficiale riguardante alla chiesa delle anime sante risale al 29 Agosto del 1577. E un atto di assegnazione da parte di Pietro La Vigna ai Rettori, amministratori della congregazione del nome di Gesù e del Miseremini che ebbe origine a Marineo nel 1570. Il 20 Dicembre 1727 nacque la chiesa vera e propria e venne incorporata dal monastero attiguo delle Cappuccine, fondato da Nicolò Pilo con il contributo del sac.Salerno e Giuseppe Pilo.  Dell'antico e grande monastero resta oggi soltanto qualche traccia, come le grate claustrali all'esterno. Esso comprendeva al suo interno un giardinetto con un cimitero per i benefattori e per gli iscritti alla congregazione del Misiremini, che prestavano assistenza ai moribondi. Quando nel 1730 le suore si trasferirono nel Collegio di Maria, il vecchio monastero cadde in disuso. Nel1860 il monastero fu utilizzato come ospedale, fu anche caserma per i garibaldini. La chiesa versò in uno stato di grave degrado e abbandono e fu necessario un intervento di ripristino, che avvenne nel 1974. Al suo interno è conservato un dipinto ad olio su tela del 1881 raffigurante le Anime Purganti.